Est-ce que tu pourrais clarifier : l'ABF a donné son accord pour quoi ? En principe, il donne des accords sur des projets dans leur dimension architecturale (en particulier sur la conformité à une certaine typicité de l'habitat). Mais je n'ai jamais entendu parler d'un avis sur la protection d'arbres.
Si les arbres ne bénéficient d'aucun classement, je ne vois pas quelle mesure pourrait les protéger. Ponctuellement, à cette période, on peut interdire des travaux car il y a reproduction d'espèces protégées dans leur ramure... Et ceux en EBC ne sont pas strictement protégés en tant qu'arbres, mais comme boisement (qui peut donc être coupé, puis replanté), pouvant être détruit par dérogation