Les plantes invasives ne font encore l'objet d'aucune interdiction (vente, transport, etc.), à l'exception me semble-t-il de la jussie.
Pour ce qui est des espèces protégées on distingue effectivement, un peu comme chez les animaux, les "races domestiques" des espèces sauvages.
Le texte parle ainsi de :
- Citation :
- la mise en vente, la vente ou l'achat de tout ou partie des spécimens sauvages des espèces citées à l'annexe I
A noter que les protections locales établissent généralement elles aussi cette distinction : Narcissus pseudonarcissus est protégé en Mayenne, mais il est quand même cultivé dans tous les jardins :-)
C'est pourquoi on trouve en culture un certain nombre d'espèces protégées, comme le lys martagon (protections locales assez nombreuses) bien sûr, mais aussi des protections nationales comme Anthyllis barba-jovis, Aldrovanda vesiculosa, Crambe maritima, Erica lusitanica, Hierochloa odorata, Iris sibirica, Nectaroscordum siculum, et dans certains cas c'est même assez évident car il s'agit de végétaux très communs en horticulture comme Anemone coronaria, Aster amellus, Chamaerops humilis, Potentilla fruticosa ou Teucrium fruticans.
Dans tous ces cas la culture et la commercialisation ne sont pas interdites, tant que la source de la population est elle-même d'une origine horticole extérieure au domaine de protection de l'espèce, c'est à dire antérieure à la protection de l'espèce pour les originaires françaises, ou originaire d'une zone où l'espèce n'est pas protégée (chamarops humilis méditerranéens par exemple).
L'introduction d'une espèce protégée en culture à partir de populations sauvages protégées demande en revanche des dérogations ministérielles. En outre le fait d'être cultivée et / ou d'origine horticole ancienne n'empêche pas la soumission à la CITES, donc la régulation de la commercialisation entre les états.
J'espère ne pas avoir raconté trop de bêtises, je ne suis pas super à jour sur ces sujets, mais je ne crois pas que ça ait fondamentalement changé depuis 2005.