TUTO : Cartographier ses observations Faune Bretagne avec Qgis

Bonjour à tous

En ce moment, je m'intéresse au logiciel Qgis pour cartographier mes données.
Pour ceux qui souhaiteraient débuter, internet propose de nombreux tutoriels et même des vidéos.
La version du Qgis que j'utilise est la 3.10 A Coruña et ça fonctionne.

Il faut commencer par télécharger un fond de carte : https://www.spatialbias.com/2018/02/qgis-3.0-xyz-tile-layers/
(Le tuto est en anglais. Si vous copiez le lien dans Google chrome, il se traduit facilement en français en cliquant sur le petit logo de la barre des taches).
Voici un autre lien qui fonctionne mieux : https://www.sigterritoires.fr/index.php/qgis-3-et-qgis-cloud-et-openstreetmap/
Il existe une extension intéressante à installer pour la Bretagne (limites administratives, ...) : https://cms.geobretagne.fr/content/plugin-geobretagne-pour-qgis

Pour intégrer vos observations de Faune Bretagne dans Qgis : http://www.sympetrum.fr/pdf/TutoQgis.pdf
C'est un tutoriel proposé pour Faune Drôme par le Groupe Sympetrum, mais ça marche aussi pour Faune Bretagne.
( http://www.sympetrum.fr/rad/?p=2770 )

Sympa ! Merci pour le tuto !
Je m'intéresse aussi à Qgis en ce moment, je suis un MOOC dessus d'ailleurs
J'essaierai ça un de ces quatre.

Il existe de nombreuses ressources téléchargeables ou en flux (wms, xyz tiles) utilisables sous QGIS. Sur le site de l'ign, il est possible de télécharger les orthophotos et différentes cartes

Actuellement, j'utilise plus Serena que Faune Bretagne donc j'ai testé l'intégration des données de Serena en Lambert 93.
Et ça fonctionne bien également.
Voici un exemple de ce que ça peut donner :

La carte mérite encore quelques petits ajustements mais je suis assez satisfait de ce premier résultat  

PS : je recherche un fond de carte avec le relief, la géologie ou des caractéristiques climatiques (ensoleillement, pluviométrie, ...).
Est-ce que l'un de vous sait si ça existe et ou je pourrais les trouver ?
Merci

Dans mon MOOC, ils donnent plusieurs sources pour trouver des fonds de cartes, mais j'avoue que je n'ai pas encore essayé

Modèles numériques d'altitudes:
SRTM (satellite américain)
- 30m de résolution :  http://earthexplorer.usgs.gov/
- 90m de résolution : https://bigdata.cgiar.org/srtm-90m-digital-elevation-database/

ASTER-DEM (autre satellite, 30m de résolution)
- https://asterweb.jpl.nasa.gov/gdem.asp
- https://search.earthdata.nasa.gov/search

Géographie physique:
GEOS : https://www.geoportal.org//
Natural Earth : https://www.naturalearthdata.com/

Météo / Climat:
WorldClim : https://worldclim.org/

Géologie:
http://portal.onegeology.org/OnegeologyGlobal/

Y'a ça aussi sur les sols :
https://www.gissol.fr/

http://www.sols-de-bretagne.fr/inventaire-et-cartographie-sols/cartographie-regionale.html

C'est pas toujours très simple d'accéder au fond de carte.
Par exemple pour http://portal.onegeology.org/OnegeologyGlobal/
Il faut cliquer sur le symbole Catalog en bas à droite de la planisphère.
On arrive sur cette page : http://onegeology-geonetwork.brgm.fr/geonetwork3/srv/eng/catalog.search#/home
Pour plus de facilité, j'ai changé la langue pour le français et chercher "couche".
http://onegeology-geonetwork.brgm.fr/geonetwork3/srv/fre/catalog.search#/home
Je suis arrivé à cette adresse : http://onegeology-geonetwork.brgm.fr/geonetwork3/srv/fre/catalog.search#/search?any=couche
Et j'ai cliqué sur : Europe GISEurope 1:1.5M Faults
Ce qui m'a mené  à cette page :
http://onegeology-geonetwork.brgm.fr/geonetwork3/srv/fre/catalog.search#/metadata/ad03b7e31de426d31745cc217d3c7dcca78ff515
J'ai cliqué sur le premier lien pour arriver à cette autre page :
http://mapsref.brgm.fr/wxs/1GG/GISEurope_Bedrock_and_Structural_Geology?&SERVICE=WMS&VERSION=1.3.0&REQUEST=GetCapabilities
Et j'ai copié puis ajouté l'adresse de cette page dans l'URL de l'ajout d'une couche WMS sur Qgis.
Au final, j'obtiens un fond de carte qui ne semble pas compatible avec Openstreetmap.
(Pour la vue ci-dessous, j'ai désactivé Openstreetmap pour que la carte géologique soit visible).

J'espère que je vais trouver des solutions plus simples ... ou que je vais cerner un peu mieux la logique du système.

C'est vrai que l'accès aux adresses des serveurs n'est pas toujours simple.

JAC a écrit:

Au final, j'obtiens un fond de carte qui ne semble pas compatible avec Openstreetmap.
(Pour la vue ci-dessous, j'ai désactivé Openstreetmap pour que la carte géologique soit visible).

:smash:

Je ne comprend pas le "pas compatible". C'est une histoire de projection ? Tes projets sont dans quel référentiel habituellement ?

Le problème de compatibilité venait de la projection et aussi du réglage de la transparence (Opacité globale).
Finalement, j'ai trouvé un autre fond de carte plus facile à utiliser sur USGS : https://www.usgs.gov/products/data-and-tools/gis-data
Téléchargement des données des cartes géologiques mondiales : https://certmapper.cr.usgs.gov/data/apps/world-maps/
Europe, WMS capabilities :
https://certmapper.cr.usgs.gov/arcgis/services/geology/europe/MapServer/WMSServer?request=GetCapabilities&service=WMS
Et j'ai copié-collé l'adresse dans l'ajout d'une couche WMS de Qgis.
La projection correspond à celle d'Openstreetmap et j'ai règlé la transparence pour que les deux cartes soient visibles :

Pour le réseau hydrographique, je viens de tomber sur cette couche Vecteur :
https://www.sandre.eaufrance.fr/atlas/srv/fre/catalog.search#/metadata/c54a5641-3e7b-4e8c-ab2a-b324c297946f
Il faut cliquer sur le 1er lien à télécharger pour récupérer un fichier .zip :
C'est intéressant pour visualiser les données d'odonates par exemple.
Par contre, j'ai l'impression qu'il faut faire apparaître la carte Openstreetmap avant d'installer la couche vecteur.
Quand j'installe la couche vecteur en premier, elle se positionne de travers.

A mon avis, une partie de tes problèmes vient de l'absence de gestion du référentiel géographique, donc tes couches se calent un peu comme elles peuvent (la première impose son SCR au projet).
En bas, à droite (après la partie rotation que l'on voit partiellement affiché sur ton recadré d'écran, il y a un petit globe bizarre avec marqué EPSG. EPSG, c'est ton système de coordonnées de référence ou SCR. Il y en a un attribué au projet (celui qui est indiqué à cet endroit), mais chaque couche possède son SCR. En France, le SCR officiel (donc celui de toutes les couches IGN récentes) est le Lambert-93 (EPSG:2154). Donc, sur un projet en 2154, les couches issues des administrations seront directement bien calées. Tu peux vérifier pour chaque couche le scr qu'elle utilise dans ton projet (propriété->source->géométrie et SCR).
Mais par exemple, les couches google utilisent l'EPSG:3857 (WGS85 / Pseudomeractor). Si tu leur assignes une projection différente, elles ne seront pas bien calées (c'est le cas des flux xyz tiles que je connais: google, bing, esri, openstreetmap). Ce qui n'empêche pas de les utiliser dans un projet avec un autre SCR, mais elles ne doivent pas suivre le SCR projet. Les GPX en provenance de mon GPS sont en EPSG:4326 (WGS84). Globalement ce sont les 3 SCR les plus utilisés en France.
Aujourd'hui, les couches sont automatiquement transformées pour être affichées dans un SCR différent du leur. Mais des fois, ça passe pas. Auquel cas il faut parfois modifier le SCR à la main, mais s'il faut sortir du trio précédent, ça devient compliqué.

Effectivement le SCR est super important.
Et donc la carte (au-dessus) avec le pointage des orthoptères est biaisée.
Ça ne se joue pas à grand chose, mais les pointages sont en Lambert-93 EPSG:2154 et la carte en WGS 84 / Pseudo-Mercator EPSG:3857.
Voici une comparaison des Cartes en Pseudo-Mercator et en Lambert-93, à la même échelle (1/2858275):

Pour le relief, il existe une couche WMS assez sympa :
https://image.discomap.eea.europa.eu/arcgis/services/Elevation/EUElev_DEM_V11/MapServer/WMSServer?service=WMS&request=GetCapabilities&version=1.3.0
(Elle vient de ce site : https://www.eea.europa.eu/data-and-maps/data/copernicus-land-monitoring-service-eu-dem ).
Elle s'adapte bien sur l'Openstreetmap sauf qu'elle est en EPSG:4326 - WGS 84.
Si je la configure en EPSG:2154 Lambert93, elle disparait.
C'est pourtant cette configuation qui est indiquée en bas à droite de l'écran pour l'affichage de mon projet.
Est-ce que c'est gênant de la laisser en EPSG:4326 -WGS 84 ?

Non, ça ne pose pas de problème, au contraire. Le SCR du projet détermine la façon de laquelle un objet géographique va être transformé (projection = passage d'une sphère à une vue à plat). Le SCR de la couche indique comment ta couche a été projeté au moment de sa création.
Quand tu ajoutes une couche, tu as besoin de savoir comment elle a été projeté au départ pour la transformer (reprojection) dans le SCR du projet.
Globalement, quand on reste sur une zone assez petite comme la Bretagne, la forme ne change pas trop une fois projeté, donc le choix du SCR du projet ne pose pas trop de problème si tu restes sur les basiques évoqués (si tu trouvais une projection conique depuis les pôles, ça serait sans doute différent).
Par contre, comme les unités diffèrent (degrés, mètres, avec des origines différentes), le fait d'attribuer un SCR qui ne correspond pas à la couche à cette couche va la décaler, en général largement (heureusement, ça permet de détecter ce genre de problème). Si tu prends ta couche en 4326, que tu indiques que son SCR est le 2154, forcément ça ne marche pas : soit ton projet est en 2154, et le logiciel considère qu'il n'a pas de reprojection à faire, soit le projet est dans un autre SCR, et la reprojection va partir d'un SCR qui ne correspond pas.
Une image qui peut parler à des naturalistes : tu as une longue-vue Kowa (ton projet). Tu récupères un oculaire Kite (ta couche), pour le monter, tu achètes un adaptateur (reprojection). Pour ton adaptateur, tu commandes un modèle "Kite vers Kowa". Si tu choisis un "Leica vers Kite" ou si tu montes ton oculaire direct (donc Kite vers Kite), ça ne marche pas. Dans ton "quoi vers quoi" de ta reprojection, c'est "SCR de ta couche vers SCR du projet". Si ta couche tombe mal, c'est le SCR de ta couche qui n'est pas bon (même s'il doit y avoir des exceptions).

PS: je ne crois pas qu'il y ait ce genre d'adaptateur pour les longues-vues

Ah oui, pour tes 2 cartes comparées, tu as
Carte 1 : projet en 3857, et 3 ? couches
Carte 2 : projet en 2154, et 3 ? couches

Quels sont les SCR de tes couches dans chaque cas ?

Je suis bien content que ça ne pose pas de problème.
Les cartes semblaient bien se superposées mais je préférais quand même lever le doute.

Ronan A. a écrit:

Par contre, comme les unités diffèrent (degrés, mètres, avec des origines différentes), le fait d'attribuer un SCR qui ne correspond pas à la couche à cette couche va la décaler, en général largement (heureusement, ça permet de détecter ce genre de problème).

Ci-dessous, voici ce qui se passe si je convertis la projection Openstreetmap de EPSG 3857 en EPSG 2154.
(Par contre, si je rétablis de 3857 vers 2154, la carte Openstreetmap disparaît. Il refaire un autre changement pour qu'elle revienne).
Cette représentation correspond très certainement au décallage que tu évoques car je ne me souviens pas avoir prospecté par là  


Pour revenir à ton dernier message, il y avait 5 couches (les couches départements et régions ont disparu avec mes différentes manips).
Toutes les couches sont en EPSG 2154 (Lambert93) sauf Openstreetmap qui était en ESPG 3857 (Pseudo-Mercator).
Si le changement de représentation buggue au niveau de la Source (SCR) d'Openstreetmap, je peux changer sans problème la représentation de mon projet (en bas à droite de l'écran).

Bonjour à tous,

content de voir que le tuto que j'ai fait voyage jusqu'en Bretagne ! Pour info, si jamais, on se fait des ateliers de formation à QGIS en ligne entre membres du groupe Sympetrum. On a commencé à en faire au confinement de printemps et on a repris à celui d'automne.. Faut bien s'occuper comme on peut !
Plusieurs sessions sont prévues en décembre / janvier, avec plusieurs niveaux en fonction des capacités et attentes des gens (les dates ici : www.sympetrum.fr/rad/?p=2770). Normalement il faut être membre de l'asso pour participer, si ça vous intéresse vous pouvez me contacter.

A bientôt et bonne cartes !

Camille

Bonjour Camille
Merci pour ce tutoriel. Il est très bien présenté (et compatible avec ma version de Qgis, ce qui n'est pas toujours le cas sur inernet).
C'est le tutoriel dont j'avais besoin pour décoller. Un exemple concret qui me permet de valoriser mes données.
Maintenant je vais pouvoir illustrer des documents, des articles avec une carte présentable.

Je me suis permis de le relayer sur ce forum parce qu'il m'a semblé très intéressant pour beaucoup de naturalistes.

Cette vidéo est très intéressante. Elle explique bien comment réaliser une carte et la finaliser.
C'est une bonne introduction aux Qgis 3.x
https://www.youtube.com/watch?v=W9pEM59M7Qk
Une autre vidéo plus détaillée :
https://www.youtube.com/watch?v=wjJcSfxGoxk

@Camillelm
J'avais pas regardé le tuto, mais j'ai jeté un oeil par curiosité. Pourquoi supprimer la première ligne ? J'importe systématiquement mes fichiers avec les en-têtes de colonnes (à moins qu'il n'y ait une subtilité pour les fichiers issus de Faune-truc: je n'ai jamais testé l'export).
J'avoue aussi ne pas avoir tenté le "séparer une couche vecteur", mais simplement "enregistrer sous" pour en faire un shp ou un gpkg. Ou alors c'est pour créer une couche par espèce ?
Si c'est ça, je préfère pour ma part utiliser une symbologie catégorisée, qui permet ensuite de choisir les taxons affichés et leur symbologie, et de gérer des filtres, plutôt que d'avoir une multitude de fichiers.
Le fait d'avoir un fichier unique est plus intéressant quand on a de multiples traitements à faire subir à un jeu de données (qui se retrouvent démultipliés quand il y a plusieurs fichiers).

Bon, je m'auto-réponds.
Donc, oui, sous certaines formes d'export sur Faune-Truc, il y a 2 lignes d'en-tête (mais pas en "export-complet+" par exemple).
Par contre, je ne vois pas l'intérêt d'exporter en excel pour revenir en texte ensuite. Autant demander l'export en texte tabulé (éventuellement changer l'extension txt en csv si ça rassure). C'est de l'utf8, donc ça s'importe directement comme texte délimité sous QGIS. Il y a une possibilité de choisir le nombre de lignes d'en-tête à passer, donc ce n'est pas obligatoire de pré-traiter sous tableur (à moins que la première ligne ne soit pas celle voulue).

Et pour "séparer une couche vecteur", je n'avais jamais eu l'occasion d'utiliser, et ça sert bien à séparer une couche en plusieurs sur la base d'un champ. En général, je suis plus à faire l'inverse!

Comme Ronan s'est auto-répondu, je place un autre message à suivre.
Camille ou d'autres devront réagir aux questionnements de Ronan à la suite de mon message. Désolé  

J'ai enfin réussi à réaliser la présentation de fond de carte que je cherchais.
En fait, je voulais isoler la Bretagne ou le Massif armoricain du reste de la France, sans en faire une île.
Il existe un tutoriel très intéressant pour créer un masque :
http://www.impulsmap.fr/effectuer-un-pochoir-un-masque-avec-qgis/
(L'extension Mask est préinstallée à partir de Qgis 3.x).
La limite du Massif armoricain est disponible (gratuitement en échange de la signature d'une convention) sur le site du Gretia :
http://www.gretia.org/index.php/couche-sig-limite-du-massif-armoricain-2
(Il faut préciser la source en légende et utiliser la carte dans un cadre naturaliste).
Une fois le fichier téléchargé et dézippé, il suffit de copier-glisser le fichier .shp dans le panneau des couches de Qgis.
On peut peut-être utiliser la limite pour définir le polygone. Mais comme je l'ai installée dans un second temps, je n'ai pas vérifié.
Comme vous pouvez le remarquer, mon polygone n'intègre pas les Deux-Sèvre.  
C'est une erreur de ma part. La carte était en test, je ne voulais pas tout recommencer (ni corriger le titre ni ré-écrire la légende).
Finalement, le résultat est assez satisfaisant  

L'extension mask est intéressante quand tu veux masquer une partie des polygones de ta couche.
Autre solution, une sélection de tous les polygones de la couche département, copier, coller comme nouvelle couche (temporaire ou enregistrée [d'ailleurs la couche mask, elle est enregistrée ou temporaire ?], la passer en édition et effacer tous les polygones sauf soit les départements à atténuer (masque via le réglage de transparence), soit les départements ciblés (la couche d'origine peut se voir appliquer une transparence).

Comme souvent, il y a plusieurs façon d'arriver à un même résultat.

Mais si on avait une couche avec le massif armoricain (et non sa limite), il suffirait de dupliquer la couche et dans la symbologie de choisir polygone inversé (puis gérer transparence et couleur).